Biopython

imagen / Xiumeteo -flickr
  
22 de Octubre de 2015   0  

Biopython es una librería que recoge utilidades para trabajar con datos biológicos. Algunas de sus utilidades incluyen funciones y clases para trabajar con secuencias, resultados Blast, estructuras de proteínas y árboles filogenéticos.

 

En la sección "Pythonízame con libros" tenemos el tutorial de esta pequeña gran librería, donde puedes encontrar entre otros temas:

  • Sequence objects
  • Sequence Record objects
  • Reading and writting sequence files
  • Running nd parsing BLAST
  • Mailing lists

 

Algunos ejemplos  de uso de esta librería son:

 

1. Crea un objeto Seq con la secuencia ‘ATCG’. ¿Cuántos residuos tiene? ¿Cuáles son las tres primeras letras? ¿Y la última? ¿Cuántas adeninas tiene? Convierte la secuencia en una cadena de texto normal sin alfabeto.

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> secuencia = Seq('ATCG')
>>> secuencia
Seq('ATCG', Alphabet())
>>> print secuencia
ATCG
>>> len(secuencia)
4
>>> secuencia[:3]
Seq('ATC', Alphabet())
>>> secuencia[-1]
'G'
>>> secuencia.count('A')
1
>>> str(secuencia)
'ATCG'

  2. Crea un SeqRecord con la secuencia ‘ATCG’, la id ‘secuencia’ y la descripción ‘prueba’.

 

>>> from Bio.Seq import SeqRecord
>>> SeqRecord(Seq('ATCG'), id='secuencia', description='prueba')
SeqRecord(seq=Seq('ATCG', Alphabet()), id='secuencia',
          name='<unknown name>', description='prueba', dbxrefs=[])

 

Como pueden ver, esta herramienta puede ser de gran ayuda para el análisis de datos biológicos.

Los ejemplos han sido tomados de Bioinformatics at  COMAV

 



Gaspar Dzul

Desarrollador Front End y Móvil.

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